מקום הנחת הנרות
מנהג בני אשכנז, שיש להניח את הנרות בקיר הדרומי של בית הכנסת, ולכתחילה אין להניחם על חלון הקיר הדרומי ולא על מדף המחובר לקיר עצמו, אלא על שולחן ליד הקיר הדרומי, וצריך להשאיר רווח בין השולחן לקיר, כדי שהמדליק יעמוד בין הנרות לכותל כשאחוריו לדרום ופניו לצפון, ויניח הנרות ממזרח למערב, ומתחיל ביום הראשון מהנר הימני הסמוך לארון הקודש [הנר המזרחי], ובשאר הימים מתחיל מהנר השמאלי וממנו פונה לימין [דהיינו שמדליק ממערב למזרח].
במקומות שאין אפשרות להניחם על שולחן ליד הקיר הדרומי כנ"ל, אלא מניחים על מדף שעל הקיר או בחלון בית הכנסת, שיטת הגר"א שיתחיל מהנר השמאלי הסמוך לארון הקודש, ובשאר הימים יתחיל מהנר השמאלי הסמוך לארון ויפנה משמאל לימין [ובאופן זה מדליק את הנר הישן תחילה].
וכן שיטת החת"ס, שבנרות שבבית הכנסת יש להתחיל להדליק את הנר הסמוך לארון הקודש כמו שבביהמ"ק היה הנר המערבי סמוך לארון הברית, ולכן יש להדליק ביום הראשון את הנר השמאלי הסמוך לארון. וכן בשאר הימים צריך להדליק נר זה תחילה, וממנו לפנות לימין.
מנהג בני ספרד להניח את הנרות ממזרח למערב, על מדף הקיר הדרומי או בחלון בית הכנסת הדרומי, וסדר ההדלקה כדעת השו"ע, להתחיל ביום הראשון עם הנר הימני [דהיינו הנר המערבי הרחוק מארון הקודש], ובשאר הימים מדליק משמאל לימין [ממזרח למערב מהנר החדש]. הנוהגים להדליק בין צפון לדרום, ימשיכו במנהגם.
דינים נוספים
א. בבית הכנסת מדליקים נרות חנוכה בברכה בין מנחה למעריב, בשעה שהציבור נמצא. ובמקומות שמתפללים מנחה מוקדם, ידליקו לפני מעריב. ונוהגים להדליק אף לפני תפילת שחרית, ללא ברכה.
ב. בית הכנסת שיש בו בערב סדר לימוד ולאחמ"כ תפילת ערבית, ידליק את הנרות בתחילת סדר הלימוד. ובמקום שלא מתפללים בו אלא רק לומדים, לא ידליק.
ג. בית כנסת שיש בו מנין רק בשבתות, יברכו בו על הדלקת הנרות בבית הכנסת רק בערב שבת ובמוצ"ש.
ד. יש להסתפק האם בבית כנסת שיש בו כמה מניינים, מדליקים את הנרות בכל המניינים או רק במניין הראשון, ולכן יש להדליק נרות שידלקו עד אחרי המניין האחרון.
ה. המדליק בבית הכנסת לפני שהדליק בביתו, אע"פ שבירך כבר בבית הכנסת את כל הברכות, חוזר ומברכם בביתו. אמנם ביום הראשון, לא יחזור על ברכת 'שהחיינו', אא"כ הוא צריך להוציא את אשתו ובני ביתו [וי"א שבכל הימים לא יחזור על ברכת 'שעשה ניסים', אא"כ צריך להוציא את אשתו וב"ב].
ו. המדליק בבית הכנסת לאחר שהדליק בביתו, צריך לברך שוב את כל הברכות בבית הכנסת, וביום הראשון גם 'שהחיינו'. אמנם בני ספרד אינם נוהגים כן.